Марткопскому физико-географическому стационару более половины века (50 лет). Стационар был основан по инициативе заведующего кафедрой физической географии Тбилисского государственного университета М.С. Санеблидзе. В 1962 г. было выбрано место (в 30 км к северо-востоку от Тбилиси). В 1963 г. было построено 3 здания (4-е было построено в 1967 г.), а 20 мая 1965 г. были начаты постоянные метеорологические наблюдения. Во время первого этапа исследований, кроме метеорологических наблюдений, проводились комплексные физико-географические исследования окрестностей Марткопского стационара (хребта Ялно и прилегающих территорий), была составлена детальная ландшафтная карта этой территории (в м-бе 1 : 25 000). В 1969 г. были начаты исследования структуры и функционирования ландшафтов окрестностей стационара. Однако в основном эти исследования проводились по методике биогеоценологических и экологических стационаров.

Началом «золотого периода» исследований на стационаре считается 20 мая 1971 г., когда была принята новая программа исследований. Эта программа позволяла круглогодично в течение суток производить 5000–6000 отсчётов, на основе которых можно было получить представление более чем о 100 параметрах, характеризующих ежесуточное состояние структуры и функционирования природно-территориальных комплексов (ПТК). Результаты этих исследований публиковались в бюллетенях «Наблюдения и исследования на Марткопском стационаре» (1973–1975 гг.). Именно с этого периода и начинаются многокомпонентные исследования как структуры и функционирования, так и состояний ПТК.

Марткопский физико-географический стационар и созданная на его основе в Тбилисском университете в 1979 г. Научно-исследовательская лаборатория по изучению состояний природной среды аэрокосмическими методами стали центром в изучении состояний геосистем горных регионов на примере Кавказа. В этот период под руководством Н.Л. Беручашвили была создана первая экспертная геоинформационная система на основе ЭВМ, и таким образом были заложены основы создания многокомпонентной рабочей геоинформационной системы Марткопского физико-географического стационара.